游戏的最开始，玩家将面临第一次选择。第一次的分歧，将带给玩家不同的视野，进而了解男、女主角的背景故事和独特性格。

随着故事剧情的发展，玩家将遭遇队伍必须分头行动的选择。玩家选择以不同的主角带领队伍，将和不同的角色共同冒险、产生不同的团队战斗组合效果。而因选择的路线不同，玩家在神秘战斗事件中才可能获得的神兵珍品，也将各自不同。 

不同主角的团队组合，将使剧情走向发生变化、分歧。因为分隔两地而疏远感情、或因为共同行动而近水楼台，或是引发极特殊的故事剧情，这些可能性都将在《幻想三国志３》充分得到发挥，将使剧情的变化性倍增。